1933年春，嚴樸奉命撤離上海到了中央蘇區。開始在中央蘇區的新泉貿易公司工作，“福建事變”時被派駐福州任蘇區商業代表。回蘇區后，任國民經濟部副部長。1934年10月，嚴樸抱病參加長征。長征途中，因病重被轉至宜昌養病，后負責重慶、宜昌秘密交通站工作。1935年秋末，他被黨組織派赴蘇聯列寧學院學習。1938年春回國，歷任中共中央組織部二科科長，西安、重慶八路軍辦事處秘書長、二科長等職務。1945年4月，嚴樸出席了黨的第七次代表大會。抗戰勝利后，黨派他到東北工作，任東北工業委員會黨委書記、黑龍江省民政廳長等職務。

1949年春，嚴樸奉命到了北平（北京），正當他準備接受新的任務南下時，因早年在敵人監獄受過酷刑，加上長期的艱苦工作，不幸患重病住進醫院，于6月5日在北平逝世，享年52歲。

嚴樸逝世后，和嚴樸患難與共的老戰友陳云親自為他撰寫了《嚴樸同志傳略》，刊載在1949年6月9日的《人民日報》上，稱頌嚴樸“為勞動人民的解放事業忠心耿耿，二十五年如一日”，指出“他的去世是中國革命的一個損失”，“但他鋼鐵般的意志、奮斗不屈的革命精神是永存不朽的”。“文化大革命”中有人揚言要挖嚴樸的墳，要拋他的尸骨，周總理知道后十分氣憤，專門給有關部門寫了近300字的批示：“……嚴樸同志是好黨員、好同志，我與他共事二十年，我深知他。……三少爺毀家鬧革命，盡人皆知……”從而保護了嚴樸烈士的忠骨。

嚴樸的這副眼鏡，是他上世紀30年代在上海從事地下工作時使用的。照相機和印章也是他的生前遺物。這張證號為NO甲0991的“記名定期免費乘車證”，是1946年7月15日由東北鐵路總局發給時任黑龍江省政府民政廳長嚴樸使用的，免費乘車時段為1946年7月15日至1947年6月30日。在該乘車證背面還有5條注意事項，其中有“本證限于票面記載之本人一人使用，不得轉借他人”“持用本證乘車人員均須座于旅客列車掛之軍用車上，不得混乘于旅客車內”“持用本證之人員必須遵守鐵路規章”等規定。