秦毓鎏重視加強對錫軍的軍械裝備，曾專門請財政部長孫鳴圻從上海購買槍械以裝備錫軍，大大增強了錫軍的軍事實力。12月以來，在清政府和英美等國的支持下，袁世凱加緊了篡奪辛亥革命果實的步伐。12月18日，唐紹儀和伍廷芳在上海正式舉行和平談判，南方革命派做出了以革命果實換取其承認共和的讓步。秦毓鎏認為，只有“進兵取北京，撥其根株”，徹底覆滅清王朝的統治，才能鞏固辛亥光復的革命成果，由此推動了錫軍第二營的組建。12月14日，錫金軍政分府開會議決即日組織北伐隊。12月16日，《民立報》刊載了秦毓鎏轉致議和代表及黃興的電文，謂“袁賊居心叵測，以議和為緩兵之計，萬不可信”，進而表明誓師北伐的決心。12月17日，錫軍第二營開始招募，由顧乃珍任第二營管帶。此外，秦毓鎏還編制水師一隊，由張錦榮任隊官。1912年初，南京臨時政府陸軍部成立，錫軍根據陸軍編制法改聯隊為團，大隊為營，中隊為連，小隊為排，一排三棚，一連三排，一營四連，一團三營。錫軍第二營是作為北伐后援隊招募的，2月19日，第二營被淮北援軍總司令顧忠琛調往臨淮關。3月9日，第二營編入江蘇陸軍第二師。秦毓鎏隨之添招了本地及部分常州兵員組成了錫軍第三營。錫軍系一團三營之制，據《天徒自述》記載，錫軍第三營組建后，秦毓鎏設立了團部節制各營，由秦鐸充任團長。

需指出的是，錫軍曾多次參與鎮壓過農民起義。武昌起義以來，各地農民受全國革命形勢的鼓舞，紛紛掀起了反抗封建壓迫的減租斗爭，錫軍成為鎮壓農民起義的幫兇。1911年12月底，常熟、無錫、江陰三縣軍政分府聯合鎮壓了王莊“千人會”抗租斗爭，錫軍作為主力參與了此次圍攻。1912年1月22日，秦毓鎏派錫軍鎮壓了新安鄉木排圩等村農民的斗爭。5月1日，錫金軍政分府撤銷，錫軍改編為常軍步隊團，由江蘇省都督府直轄，并于1913年“二次革命”前夕被遣散。